事業承継・M&A補助金とは？4つの枠と上限・補助率

後継ぎへの引継ぎを機に設備を入れ替えたい、会社や事業を売る・買うために仲介会社やFAに払う費用を抑えたい──こうした場面で使えるのが、中小企業庁の事業承継・M&A補助金（中小企業生産性革命推進事業の一つ）です。14次公募からは令和7年度補正予算による公募で、2026年10月14日時点で受け付けているのは16次公募で、申請受付は2026年11月6日（金）17:00まで（2026年10月14日に公募要領で確認）です。この記事では、16次公募の公募要領（事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠・廃業・再チャレンジ枠）と事務局の公式サイトをもとに、枠ごとの上限と補助率、使うための条件を整理します。

FRAMES014つの枠の全体像

事業承継促進枠は、同じ公募回で専門家活用枠やPMI推進枠とあわせて申請することはできません。申請はデジタル庁の電子申請システム「Jグランツ」からだけで、GビズIDプライムアカウントが必要です（公募要領では、申請・発行に1週間から2週間程度、混雑時は3週間程度かかるとしています）。

SUCCESSION02事業承継促進枠──後継ぎが中心になって行う設備投資

ここでいう小規模事業者等は、製造業その他で従業員20人以下、商業（卸売業・小売業）・サービス業で5人以下、サービス業のうち宿泊業・娯楽業で20人以下の会社と個人事業主です。

• 承継予定者の条件：法人なら、役員として3年以上、または継続して3年以上雇用されて働いた経験がある人（役員と従業員の通算3年以上も可）か、被承継者の親族で代表経験がない人。個人事業なら、継続して3年以上雇用されて働いた人か、代表経験がない親族です
• 承継の期限：公募申請期日から5年以内に承継を終えること。16次公募では2031年11月5日までです。期間内に承継が終わらなかった場合は、交付を受けた補助金の返還が必要です
• 認定経営革新等支援機関の確認：承継の見込みが高いことについて、公募申請の前に確認書の発行を受けます
• 経営権と所有権の両方の移転：株式や持分の移転を伴わない代表者の交代だけの承継、グループ内の事業再編、物品・不動産だけを持つ事業の承継、フランチャイズやのれん分けに当たるものなどは対象外です
• 生産性向上要件：補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%以上であること
• 事業の実績：法人は公募申請時点で3期分の決算・申告が終わっていること。ただし開業してから法人成りして3年が経っていない場合は、開業からの通算で5年以上経っていれば満たしたものとみなされます。個人事業は、開業届と青色申告承認申請書を出してから5年が経っていること

賃上げで上限を1,000万円に上げる場合は、公募申請時までに、3%以上の賃上げを行うことを全ての従業員または従業員代表者、役員に表明する必要があります。補助事業を完了した事業年度と比べて、翌年度の従業員1人当たり給与支給総額が3%以上上がっていないと、引上げ額（最大で200万円）の返還を求められます。事業計画期間中の各事業年度末の時点でこの上昇率の水準を維持できていない場合も、同じく引上げ額（最大で200万円）の返還を求められます（天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合を除く）。また、事業承継の際に被承継者へ払う譲受費用（土地や資産の購入費など）は対象外で、被承継者への支払いは原則として補助されません。売上原価に当たると事務局が判断する経費も対象外です。

EXPERTS03専門家活用枠──M&Aの仲介・FA・DDの費用

• 申請者の要件：法人は申請時点で3期分の決算と申告が完了していること、個人事業主は開業届と青色申告承認申請書の提出から5年が経っていることが必要です。買い手支援類型では、DD費用を補助対象経費に計上するかどうかにかかわらず、デュー・ディリジェンス（DD）の実施が要件です
• M&Aの実施が前提：補助事業期間内に相手方との基本合意書か最終契約書を結ぶ必要があります。期間内にクロージング（契約の履行）まで終わらなかった場合、上限は300万円に変わり、原則としてDD費用だけが対象になります（小規模売り手支援類型は上限50万円で、着手金・システム利用料・DD費用が対象）
• 仲介・FAは登録された支援機関だけ：FA・仲介への委託費が補助されるのは、中小企業庁の「M&A支援機関登録制度」に登録された専門家への支払いだけです
• 委託契約は交付決定の後：仲介・FA業務の委託契約は、交付決定日以降に結ぶ必要があります
• 同じM&Aで買い手と売り手がそれぞれ申請できる：同一の経営資源の引継ぎについて、買い手支援類型と売り手支援類型から1申請ずつ申請できます

PMI04PMI推進枠──M&Aの後の統合

PMI専門家活用類型（単独申請）と事業統合投資類型の対象になるのは、公募申請期日の時点でM&Aのクロージング日から3年以内に行う取組です。事業統合投資類型では、補助事業期間を含む5年間の計画で、付加価値額または1人当たり付加価値額の伸び率が年3%以上であることも求められます。親族間の事業承継やグループ内の事業再編はこの枠の対象になりません。また、事業統合投資類型は、PMI専門家活用類型（単独申請）や専門家活用枠（買い手支援類型）と同じ公募回で申請することはできません。

CHALLENGE05廃業・再チャレンジ枠──譲れなかった事業をたたむ費用

M&Aで事業を譲り渡せなかった中小企業の株主や個人事業主が、既存事業を廃業して新たな挑戦をする場合の費用を補助します。この枠だけで申請する「再チャレンジ申請」は、補助率2/3以内、補助下限額50万円、上限300万円です。

• 2020年以降に売り手としてM&Aに着手したものの成約に至らず、公募申請期日の時点で着手から3か月以上経っていること。着手の証明は、事業承継・引継ぎ支援センターへの相談依頼、M&A支援機関との着手に関する契約、M&Aマッチングサイトへの登録のいずれかで、申請者自身でM&Aに着手した場合は対象外です
• 廃業後に再チャレンジする事業の計画を作り、認定支援機関の確認を受けていること
• 補助事業期間内に廃業を終えること。再チャレンジ申請では事業の一部の廃業ではなく、会社自体の廃業が要件です。法人の廃業では、その会社と支配株主（または株主代表）の共同申請が必要です
• 対象経費は、廃業支援費（上限50万円）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費、土壌汚染調査費です。移転・移設費は、ほかの枠との併用申請の場合だけ計上できます

ほかの枠と併用する場合は、各枠の事業費に廃業費（上限300万円。小規模売り手支援類型は150万円）を上乗せする形になり、廃業費の補助率は各枠の事業費の補助率に従います。

RULES06全部の枠に共通する注意点

• 交付決定前の契約・発注は対象外：経費は交付決定日以降に契約・発注し、補助事業期間内に支払いまで終えたものに限られます
• 相見積もりが原則：事業承継促進枠の公募要領は、原則として2者以上から見積を取ることを必須とし、相見積もりが要らない条件に当たらない限り、選定理由書を出しても代わりにはならないとしています。見積もりの取り方でつまずく例は補助金の相見積もりと対象外経費でまとめています
• 補助金は後払い：事業完了後の精算による支払い（実費弁済）です
• 申請は事業者自身が理解して行う：行政書士（行政書士法人）でない者が申請者に代わって有償で申請を作ることは、行政書士法違反に当たる可能性があり、交付決定後にわかった場合は取消になる可能性があると公募要領に書かれています
• 過去の賃上げ加点の未達は減点：公募申請時点から過去18か月の間に、中小企業庁が所管する補助金で賃上げ加点の要件を達成できていない場合、正当な理由がない限り大幅に減点されます
• 不正は加算金つきで返還：不正が認められると交付が取り消され、取消し対象の額に年10.95%の加算金を加えて返還し、名称と不正の内容が公表されます

RESULTS07直近の採択状況

事務局が2026年9月11日に公表した15次公募の結果は、申請551件に対して採択338件でした。枠別では、事業承継促進枠が申請190件・採択115件、専門家活用枠が312件・194件、PMI推進枠が47件・28件、廃業・再チャレンジ枠が2件・1件です。審査による採択なので、要件を満たしただけで受け取れる給付金とは性格が違います。

OTHERS08ほかの補助金との関係

事業承継を機に、新しい製品の開発や新しい市場への進出に大きく投資するなら、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金も候補になります。ただし同補助金の公募要領は、事業承継をしたうえで承継前の事業者がすでに行っている事業を行うなど、新たに取り組む内容が容易に実施できる事業を対象外としています。また事業承継・M&A補助金の公募要領も、国（独立行政法人を含む）の他の補助金・助成金等を活用する事業や、同一・類似の内容で他の制度と重複する事業を対象外としています。同じ経費を複数の補助金に重ねることはできません。

FAQ09よくある質問

CONTACT10問い合わせ先

事務局の問い合わせ窓口は枠ごとに分かれています（受付9:30〜12:00、13:00〜17:00、土・日・祝日を除く）。専門家活用枠と廃業・再チャレンジ枠は050-3145-3812、事業承継促進枠は050-3192-6274、PMI推進枠は050-3192-6228です。承継やM&Aそのものの相談先としては、公募要領でも利用状況のアンケート対象に挙がっている事業承継・引継ぎ支援センター、よろず支援拠点などの公的な窓口があります。制度の日程は補助金カレンダーでも追いかけています。当サイトは申請代行やM&Aの仲介を行わず、特定の業者をおすすめしません。

※本記事は情報提供を目的とするもので、補助金の交付を保証するものではありません。内容は2026年10月14日に、事業承継・M&A補助金（16次公募）の各枠の公募要領・パンフレット・説明会資料と事務局の公式サイトで確認したものです。公募要領は公募回ごとに変わるため、申請前に最新版を確認してください。